Se suponía que Mortal Kombat iba a ser exclusivamente para Nintendo 64 pero termino saliendo para Play Station, PC y Sega Saturn teniendo mas contenido que el cartucho debido a las limitaciones de soporte dejando la versión de N64 con menos personajes y escenarios.

El prototipo del juego de mayo de 1996 se a filtrado en Internet (Existe otra versión la cual es de abril de 1996 esta completamente rota y con glitches), la primera diferencia con el original es la pantalla de presentación de Midway que no aparece en la versión final, cuando el logo del juego aparece se encuentra rodeado de una sombría tormenta a diferencia del que aparece en la versión final la cual se muestra en un entorno infernal.

El menú esta basado en el de Ultimate Mortal Kombat 3 y se puede ver claramente que no estaba incluido el modo 3 contra 3 que aparece en la versión final el cual no apareció en las versiones de Disco por los tediosos tiempos de carga, las opciones están accesibles para un cuadro de selección cuando en el cartucho final se debió presionar Arriba + Start para entrar en las mismas, el menú de opciones es similar al del juego final con la diferencia de que se tiene un fondo rocoso acompañado de un cielo color rojo sangre.

En la versión beta no existe la pantalla de introducción que narra la historia del juego, donde se podía introducir el truco de "arriba + derecha + abajo + A + B + B + B + A + A" para entrar al meno extra, pero si esta presente el truco anteriormente mencionado pero se debe ejecutar en la pantalla de introduccion que lleva el logo Midway, el truco permitía desbloquear cuadros con símbolos de interrogación y si seleccionas los de la version beta te darás cuenta que faltan cosas, por ejemplo el cuadro del simbolo interrogativo azul no estaba terminado y no había opciones para Smoke o Khameleon, pero a diferencia de la version final, esta no llevaba la opcion "1 Hit Deaths" o muerte por un toque.

El cuadro de selección tiene muchas diferencias, primero no muestra el logo del juego al entrar, el orden de las casillas es diferente, Sub-Zero y el Classic Sub-Zero se encuentran separados cuando en el juego final los dos se encuentran fusionados en uno, las casillas no tienen líneas de interrogación, en la casilla de interrogación se encuentra Smoke (el cual lleva un traje mas oscuro comparándolo con el de la versión final), Jhonny Cage y Khameleon aún no estaban presentes y finalmente los personajes que compartían un Sprite base como los Ninjas, el trio de las asesinas del mundo exterior y los Cyborgs llevaban las mismas animaciones cuando en la versión final cada uno tenía una pose distinta, la sección de "Choose your Destiny" se a reciclado el mismo fondo que el de Ultimate Mortal Kombat 3 junto con la pantalla de continuar.

La versión beta tiene 27 escenarios en total a diferencia de la versión final que lleva 30, perdiéndose algunos muy emblemáticos como The Pit, el Foso o el patio del primer Mortal Kombat, pero cuenta con el escenario del banco que no aparece en la versión final, el escenario de la arena de Mortal Kombat 2 se reemplazo a Kano y Sonya por Raiden y Baraka sin mencionar que Shao Khan se levanta de su trono a la hora que el juego marca el "FINISH HIM".

El escenario Kombat Tomb de Mortal Kombat 2 no tiene su fatality de escenario, Motaro y Shao Khan pueden ser seleccionados de la misma forma que se logra en el juego final, pero en la version beta carecen de Fatalitys, los Brutalitys aun no estaban implementados, cuando Shao Khan es derrotado se presentan varios escenarios como en Mortal Kombat 2 cuando en la versión final el emperador agonizaba mientras luchadores al azar sobresalían de su cuerpo por alguna razón sin mencionar que en la versión beta la pantalla de victoria te coronaba como el campeón de Ultimate Mortal Kombat 3.

En lo jugable Scorpion no puede ejecutar su golpe con teletransporte hacía a delante, Rain y Noob Saibot no tienen Fatalities, La nube de Noob Saibot no incapacita los ataques del rival, emite un ruido similar al de una tormenta y cuando la ejecuta replica el clásico grito de Scorpion, su ataque con teletransporte culmina con una pirueta quitando la probabilidad de un ataque extra y sus combos son distintos. Raiden no puede lanzar rayos hacia atras, el ataque con giro de Baraka se ejecuta con Atras + Bloqueo, los ataques de Shao Khan dejan un efecto de color distinto, el Fatality de Smoke es el Fatality de clones de Scorpion y no aparecen los ataques especiales que si aparecieron en la versión final como el misil doble de Sektor, Nightwolf con el efecto de ataque color rojo, Sindel con doble esfera de grito, Raiden junto con Baraka no tienen combos ni animación de correr, en la batalla con resistencia los rivales no explotan, solo caen, parapadean y desaparecen, hay problemas de colision con los jefes mostrando claramente como reciben un ataque pero su vida no disminuye, la IA es mas agresiva que el de la versión final al punto que llega a medir la distancia con el jugador, la versión beta tiene mas detalles de animación en los personajes mostrando combates mas fluidos porque en la versión final se debió recortar algunas animaciones por las limitaciones de memoria del cartucho pasando de 128 mbit a los 96 mbit.