Questo è il primo gioco della trilogia, in seguito racconterò anche gli altri due giochi.
Joker ha in ostaggio il sindaco di Gotham, ma si arrende subito senza nemmeno combattere, quando vede arrivare Batman.
Subito dopo si scatena un incendio, nel penitenziario di Blackgate, così la polizia ha dovuto trasferire tutti gli uomini al manicomio di Arkham.
Batman porta Joker nel manicomio, ma si rende contro che qualcosa non va, così insieme al commissario Gordon, lo scortano dentro.
Joker sta per essere portato in cella, ma uccide i due poliziotti e si libera, Batman non c’è la fa a fermarlo e Joker scappa.
Batman cerca di inseguirlo, ma viene fermato da un maniaco omicida, che ha preso in ostaggio alcune guardie.
Joker genera panico a Gotham, dicendo che la città è disseminata di bombe e che le farà esplodere se vede qualcuno arrivare al manicomio.
Joker fa rapire Gordon da una guardia corrotta.
Batman è guidato nel manicomio da Oracle, Barbara Gordon, che è preoccupata per il padre.
Batman trova Joker, ma quest’ultimo era già preparato, fa uscire da una porta, un uomo che è deforme, gigante ed ha una forza mostruosa.
Il nostro protagonista dopo una difficile battaglia, lo sconfigge.
Joker è scomparso, Batman riprende a cercare il commissario.
Dopo un po' di ricerche, trova una traccia di Gordon, che ha lasciato una scia di tabacco.
Segue la pista e trova dei medici che sono stati fatti ostaggi, li libera e prosegue alla ricerca del commissario.
Si imbatte nelle guardie che sono state prese come ostaggio, ma sono in preda al terrore, poi vede una cosa che lo distrugge dal dolore, il corpo del commissario Gordon.
Succede qualcosa però il luogo attorno a lui cambia, vede la morte dei suoi genitori, così capisce che è il gas dello spaventapasseri, che gli causa le allucinazioni.
Batman vede all’ultimo lo spaventapasseri vicino a lui, quest’ultimo gli inietta un alta dose della sua droga, il protagonista non riesce a fermarlo.
Dopo aver combattuto contro le sue paure, riesce anche se stremato a continua nella sua ricerca.
La scia di tabacco lo porta all’interno del centro medico, dove li vede che Gordon è tenuto in ostaggio da Haley Queen.
Batman riesce a sconfiggere Harley e libera il commissario, ma interviene Bane che con la forza che gli conferisce la droga riesce a battere il protagonista.
Prima di ucciderlo racconta che è stata la dottoressa Young con i suoi esperimenti, poi interviene Joker da uno schermo, fa la sua solita risata e poi inietta altra droga in Bane.
Batman si riprende, cerca di combattere con tutte le sue forze e dopo una lunga e difficile battaglia riesce finalmente a mettere il suo avversario a terra.
Batman riesce a far scappare Gordon dall’isola, rimanendo così da solo, va nella batcaverna che aveva fatto costruire, in caso gli servisse.
Qui fa delle ricerche, scopre che la dottoressa Young ha migliorato il Titan, facendolo diventare il Venom di Bane, ma poi la dottoressa ha smesso le ricerche, Joker vuole vendicarsi di lei.
Batman deve trovare i documenti che sono legati al progetto prima che lo faccia Joker.
Batman viene però rallentato, sia dagli uomini di Joker e sia dal gas dello spaventapasseri.
Il protagonista dopo aver nuovamente affrontato le sue paure, scopre che Joker ha la formula, quindi non ha bisogno più della dottoressa, che infatti la lascia nelle mani di un omicida, ma viene salvata da Batman.
La dottoressa racconta che stava lavorando a quel progetto solo per paura delle conseguenze che poteva fare Joker, spiega che c’è una contromisura contro la sua formula.
La dottoressa apre la sua cassaforte, ma così facendo fa esplodere una bomba, messa da Joker, che fa morire la dottoressa.
Harley ha rapito il direttore, Batman ferito va a cercare il direttore per liberarlo.
Batman si ritrova nella zona più pericolosa, perché ci sono i pazienti più pericolosi.
Joker li libera tutti, anche Poison Ivy, una delle più pericolose.
Batman riesce a batterli tutti, poi raggiunge Harley e sconfigge anche lei, poi va nella serra.
Quando va nella serra vede che è troppo tardi, Joker ha iniettato a Ivy il Titan, ora è in grado di controllare le piante, con la mente.
Ivy comincia a distruggere il manicomio dall’interno, Batman deve trovare l’antidoto, ma la dottoressa prima di morire ha detto che si trova nella cella di Killer Croc.
Però nel suo cammino incontra ancora una volta lo spaventapasseri, stavolta si ribella con la forza e lo insegue nelle fogne.
Ma interviene Croc che si scaglia sullo spaventapasseri, ma Batman lancia il batrang sul collare elettrificato, che finisce in acqua stordendolo.
Batman si scontra con Croc, ma non può batterlo con la forza, così trova uno stratagemma e lo fa cadere in una trappola.
Il protagonista va a prendere l’antidoto nella cella e va nella batcaverna per vedere se ne riesce a fare dell’altro, ma Ivy sta distruggendo tutta l’isola e le piante arrivano anche lì.
Joker rivela il suo vero piano e dice che vuole diffondere il titan per la città, così far vedere ai cittadini cosa sono veramente.
Batman deve sconfiggere prima Ivy, dopo uno scontro difficile la batte, ora manca solo Joker.
Quando lo trova vede che ha rapito il commissario e che gli sta per iniettare il titan, ma batman si prende il dardo, salvando l’amico.
Joker si inietta il titan, dando vita a un vero mostro.
Batman si inietta l’antidoto, riesce a sconfiggere il suo nemico.
La polizia interviene e i pazzi vengono ricondotti nelle loro celle.
Ma proprio quanto tutto sembra finito, dalla radio della polizia si sente che due facce sta assaltando la corte di giustizia.
Anche se stanco e pieno di ferite, Batman va a fermarlo.
Le missioni secondarie di Batman si incentrano su le sfide dell’enigmista.
